士为找回失去的记忆而来到新的世界“士的世界”。在这个世界里，士等人来到了一座谜之西式大屋，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女·门矢小夜。负责照顾小夜的谜之男·月影告诉士等人这个世界已经开始出现毁灭的现象，要防止最恶劣的事态发生，必须决定一个最强的假面骑士，难道夏海梦见的骑士大战即将成为现实……？ 然而，于九死一生的骑士大战过后，大地上突然出现巨大的建筑物：大修卡的基地……...

在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——...