晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰...

故事发生在精灵的世界之中，在这里，精灵们用他们的乐器演奏出拥有魔力的乐曲，来操纵四季的更替。尚未成熟的小精灵们需要在魔法学校里学习各种各样的魔法知识，然后带着魔法之花前往人间进行最后的试炼，在收集到了足够多的“闪耀”之后，魔法之花就会盛开，它会成为精灵们毕业的凭证。 天真可爱有些害羞的雪精灵糖糖（川上伦子 配音）、一心想要继承父业的太阳精灵小盐、个性非常的温和彬彬有礼的风精灵胡椒（水桥香织 配音）...